La forme et le fonctionnement hydraulique des ports de l’estuaire sont caractéristiques : profitant du débouché d’un affluent, un ru ou une jalle, les ports s’avancent dans les terres et s’installent à l’abri des courants. Sur plusieurs centaines de mètres parfois (comme à Mortagne-sur-Gironde ou Port Maubert), les chenaux fendent les terres stabilisées par l’édification des digues, si bien que de nombreux ports sont invisibles depuis le fleuve, comme dissimulés à l’intérieur des marais. À marée basse, les bateaux viennent ainsi doucement s’échouer le long des quais, sur les vases et les herbes.
Tous ces petits ports de l’estuaire sont d’authentiques havres de paix, d’étonnantes haltes à l’ambiance très « nature » qu’il faut découvrir à pied, à vélo ou bien sûr en bateau. Les quais, les écluses, les cales de mise à l’eau sont généralement en pierre, les pontons, les estacades, les échasses des carrelets qui s’alignent à proximité sont en bois, et tout autour, l’herbe et la végétation sont omniprésentes.